中心自2003年3月成立以来，根据发展目标和建设内容，发展历程分为三个阶段，即组建阶段、快速发展阶段和、内涵质量提升阶段。

      第一阶段：中心组建

       2003年至2005年是中心成立、运行和管理机制的探索时期。为了加强实验教学，培养学生的动手能力，提高教学资源的利用率，学校打破了学科界限，按功能和服务对象，对全校实验室进行了统一规划和布局，重新组建了19个实验教学中心，生物技术与工程实验教学中心是其中之一。中心依托生命科学学院，将分散在生物技术、植物学、植物生理学、生物化学与分子生物学、微生物学5个系的小而全、多而杂的30个实验室，按基本水平、宏观水平、细胞水平、分子水平四个实验层次组建成16个功能实验室，建立了布局合理的实验中心框架结构，理顺了管理机构。实验教学从理论课中分离，重视实验实践基本能力的培养。2004年中心申请到中央与地方共建实验室建设项目，获得650万元的建设经费，购置了本科教学急需的仪器设备，提升了实验室功能，使实验室布局和功能趋于合理，弥补了本世纪初因高等教育大幅度扩招造成的实验实践教学条件的不足。

      第二阶段：中心快速发展

       2006年至2010年是中心实验教学任务急剧增加及教学质量同步提高的时期。为体现生物技术和生物工程专业特色，适应科技、工程和社会应用实践的发展，满足人才培养需求，中心在学校的大力支持下，将部分实验室进行了功能调整，并扩大面积400平方米。2006年到2010年，中心先后争取到第二批中央与地方共建实验室项目和山东省高等学校骨干学科实验教学中心建设项目，共计1500万元。在进一步增加常规仪器设备数量的同时，也结合科研成果的转化购置了一批反映当前科研进展的精密的先进仪器。同时，结合2007年的本科生培养方案的修订，中心对部分实验课进行了再次优化，更新实验内容，提高了综合型和设计型实验项目的比重，注重实验内容与生产、科研的结合，突出能力和素质培养，实验教学体系更趋合理，师资结构进一步优化；并采用了现代化教学设备，先进的教育理念和教学手段，促进了中心建设的快速发展。

      第三阶段：中心内涵质量提升

       2011年至今，中心深化教学改革，进一步实现相关学科交叉融合、教学资源整合，提升中心培养创新创业人才的整体水平，促进中心内涵质量发展，积极推进校企共建，努力建设好省级示范中心。一方面，中心向内涵质量纵深发展，向管理、改革、教学手段提升等提出更高要求，谋求中心内涵发展和质量提升；另一方面，针对目前国内大多数高校人才培养与社会需求脱节的现状，中心与保龄宝生物股份有限公司、金正大生态工程集团股份有限公司等20多个大中型企业建立长期稳定的合作关系，构建校企联合培养模式，搭建校企合作创新创业实践平台，使培养的学生更加符合社会发展的需求。2012年，我校启动了以专业建设为内容的山东省名校工程建设项目。中心有3个专业被确定为省级重点建设专业，建设经费900万元。中心抓住这一机遇，以名校工程建设项目和2个国家级特色专业建设项目为契机，积极创建国家级实验教学示范中心。在师资队伍、教学体系、课程建设、教材建设、信息网络化、实验中心开放、校企联合等方面进行了一系列改革，努力培养当前我国经济发展急需的生物技术、生物工程、食品科学、资源与环境等相关专业的创新性人才。同时也为黄淮海区域经济的快速发展提供高素质的专业化应用型人才，进一步彰显了学校的办学特色，提升了学校的办学地位。